毛細管色譜柱生產廠家的安裝常為人們所忽視，往往會出現作填充色譜柱多年的技術人員，剛使用毛細管柱時，做出的色譜圖還不如填充柱的色譜圖，這使人們很難理解。但究其原因，多數是由于毛細管柱的安裝和操作上的毛病，而不是柱子本身和儀器系統的問題。因此，一根好的毛細管柱和設計得很好的色譜系統，還必須使柱子在系統中安裝得合理，才能做出好的結果。
　　1.1毛細管色譜柱生產廠家與進樣器的連接
　　對于分流進樣，毛細管柱的入口端一定要伸過分流進樣器的分流出口，亦就是使毛細管色譜柱生產廠家的入口處于載氣的高流速區域。如果毛細管色譜柱生產廠家的入口在分流進樣器的分流出口以下，處于載氣的低流速區域，得到的色譜圖還不如填充柱，所以必須將毛細管色譜柱生產廠家的入口伸過分流進樣器的分流出口，這樣才會得到尖銳的峰形。
　　對于分流/不分流進樣，毛細管的入口應接到進樣器的底部，這樣可以使汽化管中的樣品*進入柱子，也不會出現氣流清洗不到的“死區”。
　　1.2毛細管色譜柱生產廠家與檢測器的連接
　　在毛細管色譜柱生產廠家連接到檢測器之前，先接通載氣，看一下柱子的出口是否有載氣通過，(將柱子出口浸入清水中看是否有氣泡出現)如果沒有載氣從柱子出來，說明柱前的系統中有的地方漏氣或柱子堵塞，應找出原因加以解決。然后將柱子的未端盡可能的伸到檢測器(FID)的噴嘴以下的1~2厘米處(但不能超過噴嘴 ，并使柱子的出口處于氣流的zui高流速區域(即氫氣引入口以上)，如果柱子不能直接伸到檢測器的噴嘴下1~2厘米處，但必須伸到尾吹氣入口的上部使柱子的未端處于氣流的高速區域。